本院設下列部、中心、室：
一、內科部，分十科辦事。
二、職業醫學及臨床毒物部，分二科辦事。
三、外科部，分八科辦事。
四、骨科部，分六科辦事。
五、婦女醫學部，分五科辦事。
六、兒童醫學部，分八科辦事。
七、復健醫學部，分三科辦事。
八、影像診療部，分八科辦事。
九、核醫部，分五科辦事。
十、精神醫學部，分五科辦事。
十一、急診部，分四科辦事。
十二、眼科部，分五科辦事。
十三、耳鼻喉頭頸醫學部，分三科辦事。
十四、腫瘤醫學部，分三科辦事。
十五、重粒子及放射腫瘤部，分三科辦事。
十六、皮膚部，分二科辦事。
十七、病理檢驗部，分七科辦事。
十八、家庭醫學部，分三科辦事。
十九、傳統醫學部，分二科辦事。
二十、麻醉部，分五科辦事。
二十一、重症醫學部，分二科辦事。
二十二、胸腔部，分五科辦事。
二十三、泌尿部，分三科辦事。
二十四、口腔醫學部，分七科辦事。
二十五、藥學部，分三科辦事。
二十六、護理部。
二十七、教學部，分三科二組辦事。
二十八、醫學研究部，分四科一組辦事。
二十九、營養部，分二科辦事。
三十、醫務企管部，分六組辦事。
三十一、神經醫學中心，分九科辦事。
三十二、健康管理中心，分三科辦事。
三十三、高齡醫學中心，分二科辦事。
三十四、身障重建中心，分二科一組辦事。
三十五、品質管理中心，分五科辦事。
三十六、感染管制中心，分三科辦事。
三十七、國際醫療中心，分三科辦事。
三十八、心臟血管中心，分七科辦事。
三十九、社會工作室，分二組辦事。
四十、職業安全衛生室，分二組辦事。
四十一、公共事務室，分三組辦事。
四十二、工務室，分三組辦事。
四十三、醫學工程室，分三組辦事。
四十四、補給室，分三組辦事。
四十五、總務室，分三組辦事。
四十六、人事室，分三組辦事。
四十七、政風室，分三組辦事。
四十八、主計室，分四組辦事。
四十九、資訊室，分五組辦事。
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